Скорее всего по ошибке загрузчик прописался вместо флэшки на основной хард. Самый простой вариант - минимально уменьшить таймаут загрузчика. Если на компе стоит виста, то в файле menu.lst все удали и пропиши строчки: timeout 1
title Start Vista from HDD
find --set-root /bootmgr
chainloader /bootmgr
Для ХР:
timeout 1
title Start XP from HDD
find --set-root /ntldr
chainloader /ntldr